La verdad es que no hay mucha diferencia, los dos vienen del tronco ibérico. El lusitano suele tener el perfil de la cabeza más acarnerado, suelen estar más lejos de tierra y los PRE suelen ser de formas más redondeadas. Los lusitanos suelen tener también mejores aplomos y morfología en general, ya que en España hasta hace poco no nos hemos preocupado mucho por eso y ellos van unos pasos por delante, incluso aceptaban algunos sementales de otras razas ibéricas para críar con sus yeguas y así mejorar la raza. Vamos que mientras que allí seleccionaban un caballo funcional nosotros nos dedicábamos a criar caballos bonitos para lucirnos en la feria

Lo que básicamente se ha seleccionado hasta hace poco en Portugal es un caballo funcional para el rejoneo, con buen galope, fuerza y agilidad. Incluso los rejoneadores españoles usan más esta raza (o cruzados como hispano-árabe, luso-árabe) que el propio PRE. De todos modos al estar tan emparentados muchas veces son muy difíciles de distinguir.
Pero bueno, ahora ya poco a poco con la entrada del caballo ibérico en la doma clásica parece que los ganaderos se van preocupando cada vez más por la funcionalidad, por conseguir un buen caballo de deporte que por conseguir un caballo bonito (un caballo bonito para quien no tiene ni idea de caballos, porque un caballo que no es funcional, con malos aplomos, mala grupa o lo que sea no puede ser bonito para quien sabe lo que quiere) y la raza está mejorando poco a poco.
Para mí la diferencia más notable es en cuanto al carácter, los españoles son caballos muy tranquilos y los lusitanos, en cambio, no son para cualquier jinete, suelen tener mucho nervio y no son fáciles de montar.